Οι δυο ΠΑΕ της Super League 2 δεν τακτοποίησαν τις πρόσφυγες τους.
Συγκεκριμένα, ο Ηρακλής δεν πλήρωσε τον πρώην ποδοσφαιριστή του, Μπόγκνταν Μάρα και η Παναχαϊκή τον πρώην παίκτη της, Στάθη Ρόκα.
Αυτό είχε ως αποτέλεσμα η Super League 2 να αφαιρέσει από τρεις βαθμούς σε κάθε ΠΑΕ.